Инклюзивное образование во время его реализации на практике не выявило никаких существенных отрицательных последствий ни для детей с ограниченными возможностями, ни для их соучеников в контексте мировой практики. Однако в российских реалиях существует ряд препятствий к адекватному его внедрению. Мониторинг  образовательной  среды  в  2015-2016  годах,  проведенный Министерством образования, в контексте принятия нового ФГОС выявил целый ряд факторов, препятствующих внедрению инклюзивного образования в РФ.

1. Слабая готовность школы к инклюзивному образования. Многие педагоги не готовы переходить на инклюзивную систему, а имеют, напротив, весьма консервативные взгляды и верны традиционным концепциям обучения. Отсутствие специальной коррекционной - психологической подготовки учителей, которая необходима при работе с детьми, имеющих ОВЗ, тоже, играет свою роль. Не обладая подобными знаниями, педагог может даже навредить ребенку с особыми образовательными потребностями. Большие затруднения вызывает недостаточность методологической и научной базы, учитывая, что система инклюзивного образования является в какой-то мере новшеством, то необходимого, наработанного материала ещё попросту не существует. 

2. Неготовность родителей здоровых детей принять детей с ОВЗ, зачастую, выступают против инклюзивного образования и крайне негативно реагируют на детей с особыми образовательными потребностями, что негативно сказывается на основном принципе инклюзии – социализации детей.

3. Недостаточное финансирование и вследствие этого скромная материально- техническая база. Многие образовательные учреждения не могут себе позволить техническое оснащение, которое необходимо для включения в образовательный процесс детей с ОВЗ.

4. Медицинское сопровождение в образовательном учреждении не предоставляет должного наблюдения и поддержки детей с ОВЗ.

5.Ограничения социокультурного и психологического сознания общества, что препятствует развитию инклюзивного образования. Пренебрежение, а то и отвращение  - те эмоции, которые, к сожалению, зачастую преобладают у педагогов и родителей здоровых детей.

6.Проблемы дальнейшей аттестации и трудоустройства, у детей с тяжелыми нарушениями.